Файли використовувати там,де немає великого обєму інформації та потрібно тільки записати,зчитати якийсь рядок,перевірити існування запису запису. Використовувати таке тільки при навантажених скриптах,типу брут,чекер,парсер,які постійно пишуть/зчитують прості рядки.

Для нормальних двигунів/CMS  тільки БД (зручніше,функціональніше).

При першому варіанті не треба робити ніяких складних вибірок та операцій і де потрібна швидкість.

Ну це не перевіряв,але думаю справиться.
Хоча мені здається,шо зі збільшенням кількості записів буде тільки більше тормозів.
Якщо писати в файл кожен рядок з переносом і робити перевірку наявності запису через in_array в file() який створить масив із всіх рядків файлу (а це нехай 100 000 записів в память).

Ну візьміть перевірте,код і результат скиньте сюди

Стоп,а час запису також засікаємо?)

<?php
$start_time = microtime();
$start_array = explode(' ',$start_time);
$start_time = $start_array[1] + $start_array[0];
for($i=0; $i<=100000; ++$i) file_put_contents('list.txt',"Запис $i\n",FILE_APPEND);
$end_time = microtime();
$end_array = explode(' ',$end_time);
$end_time = $end_array[1] + $end_array[0];
$time = $end_time - $start_time;
echo 'Час на операцію: '.$time.' сек<br>';

Час на операцію: 60.844574928284 сек
Рівно хвилина

Тут ше від потужності самого пк залежить.

Vo_Vik - ви до чого ведете? Що інформація зберігається у файлах ? я це знаю. А знаєте до чого веду я ?

А що являє собою база без лапок?

ну і я про те ж)

Те що база даних зберігіється у вигляді файлів нічого не значить, все одно нею керує СУБД. А як же транзакції, фізична оптимізація зберігання даних, індекси, дублікації-реплікації, отпимізація запитів вибірки на льоту, "хранимі" процедури?

Якщо у вас дві таблички, по кілька записів в кожній то можна і в файлі, а якщо 100 таблиць?

До речі, якого виду файли, текстові?