Let's Encrypt тут ні до чого.
Якщо на вашому комп'ютері нема кореневого сертифіката, який засвідчує сертифікат сайту, то ви отримаєте повідомлення про небезпечне з'єднання. Як працює фільтрація HTTPS: при спробі встановити зв'язок із сайтом (наприклад, Facebook.com) по HTTPS, зв'язок відкриває файрвол - окремо з вами і видає власний підробний сертифікат Facebook.com, окремо із самим Facebook.com (і отримує та перевіряє його сертифікат); при цьому обидва зв'язки шифруються - але окремо один від одного. Якщо ваш комп'ютер визнає цей підробний сертифікат (тобто якщо у вас встановлений кореневий сертифікат), то ви будете спокійно спілкуватися через HTTPS, хіба що зможете побачити, що цей сертифікат видано чимось невідомим, якщо залізете в налаштування. Звісно, якщо на шляху до Facebook буде ще один файрвол, він зможе провернути той самий фокус - але лише якщо перший визнає його підробний сертифікат.
Let's Encrypt видає безкоштовні сертифікати власникам доменів - там треба лише довести, що ви є власником. Очевидно, що ці сертифікати не можуть використовуватися для фільтрації - ви не зможете довести, що є власником Facebook.com.