це вам треба toggle зробити, це коли при кожному натисканню Alt значення деякої змінної змінюється на протилежний, та змінна може мати тип boolean. Тоді нехай початкове значення буде false, і при кожному натисканні буде відбуватися ось таке

variable = !variable;

тобто, якщо було false, то тепер буде true, а якщо було true, то буде false.

Ну а в циклі перевіряєте, якщо та змінна == true, тоді натискаємо кнопку, а якщо ні, то нічого не робимо

а перший варіянт коду працює нормально?

1. Вирівняйте код, його читати боляче.
2. Позбудьтеся сміття, яке ви зараз не використовуйте. Що таке a, b і c? Вони тут потрібні? А AutoBhop?
3. Замініть рекурсію на цикл.
4. Прочитайте в MSDN, що робить GetAsyncKeyState.

може воно постійно повертає нуль, від того і спрацьовує?

Для початку:

void f()
{
   smth;
   f();
}

еквівалентно (крім витрат стеку)

void f()
{
   while(true){
       smth;
   }
}

через це воно у вас і крашиться - стек вичерпується; а

        if (AutoBhop == true)
            {AutoBhop =false;}
        else
            {AutoBhop =true;}

еквівалентно (окрім швидкості та довжини коду)

AutoBhop = !AutoBhop;

Тепер давайте розбиратися, що відбувається в першому коді.
1. Alt не натиснено і не натискалося, GetAsyncKeyState повертає 0, цикл крутиться.
2. Ви натискаєте Alt, GetAsyncKeyState повертає 0xA001, стається перехід знову в f(), оскільки Alt натиснено (ви фізично не зможете натиснути так коротко, щоб встигнути за один прохід) - знову 0xA001 і так кілька тисяч разів.
3.  Ви відпускаєте Alt, тоді буде повернуто 0x1, після чого 0 і цикл поновиться. Хоча, може, 0x1 і не буде.
А тепер - що вам треба, як я розумію:

в циклі
{
  доки не натиснули Alt в циклі
  {
    якщо треба, клацаємо мишкою    
  }
  забуваємо, що Alt було натиснуто
}

Ніби все правильно? Тепер кодом:

bool do_clicks = true;
while(true)//умову можете поміняти, якщо треба якось виходити
{

  while(!GetAsyncKeyState(VK_MENU))
  {
        if(do_clicks){
        mouse_event(MOUSEEVENTF_LEFTDOWN, 0, 0, 0, 0);
        mouse_event(MOUSEEVENTF_LEFTUP, 0, 0, 0, 0);
        }
        Sleep(t);
  }
  while(GetAsyncKeyState(VK_MENU))//чекаємо, доки не відпустять
  {
        Sleep(t);
  //якщо не робити Sleep на якийсь короткий проміжок, цей процеc відбиратиме в системи одне ядро на дурний цикл
  };
  //Alt відпустили, тепер GetAsyncKeyState повертає 0, можна починати цикл наново
  do_clicks = !do_clicks;
}

Так працює?

Працює, тільки bool do_clicks = true не можна встановлювати в рекурсивній функції, інакше немає сенсу в do_clicks = !do_clicks;. Отож, я її переніс в мейнову фукцію і звідти вернув перше значеня. Тепер все працює, дуже дякую за код))

Ще раз: вам не потрібна рекурсія, хіба я незрозуміло написав?
Так, це події. WinMain - TranslateMessage - DispatchMessage - WindowProc, всі справи. Тоді можна не в циклі чекати, а лише реагувати на натискання.

І справді, все працює і без рекурсї. Хоча дивно, що як і з рекурсією, так і без, - забирає стабільно 680 кб оперативної пам'яті.