if(isset($_POST['create'])){
            for($i=0;$i<count($_POST['agreementId']);$i++){
                $agreement = Agreements::getAgreementById($_POST['agreementId'][$i]);
                $product = Products::getProductById($agreement['product_id']);
                $company = Company::getCompanyById($product['company_id']);
                
                
            }
        }

це для розуміння

Я подібний масив вже пробував зробити, навіть дещо коротше, але виникає наступна проблема, як потім його в циклі вийняти по поличкам companyId,productId та відповідно agreementId адже порядковим номером елементу в масиві буде ідентифікатор компанії чи продукту і key=>value вже не дуже допомагає або я просто туплю на вечір

Ось цим принчипово різниться український форум від російських, тут є діалог:-).
Спробую по максимуму описати:
1. Що я роблю? Створюю звіт для заключених договорів в розрізі компаній та продуктів
2. Як проводиться вибірка? Є сторінка на якій виводяться всі договори і останнім стовпцем іде checkbox де value=agreementId
3. Що передається? Основною є таблиця з договорами agreements.Як вже зрозуміло id в таблиці agreements і є value checkbox. Методом $_POST я закидаю масив в цикл де починає проводити наступні маніпуляції
4.Які маніпуляції? В циклі я витягую дані по договору з таблиці agreements. З цієї таблиці мені потрібен стовпчик productId WHERE id = agreementId. Взявши productId я мушу зрозуміти якій компанії належить даний продукт і відповідно роблю запит в таблицю products звідки беру companyId .
5. Інші. Як видно з усього вище викладеного ми маємо наприклад 90 договорів, які укладені наприклад на 3 компанії.Доприкладу:
Компанія 1 уклала 30 договорів з них 10 договорів мають ідентифікатор продукту productId = 1,10 договорів productId = 2 і 30 договорів productId = 3. Відповідно якщо це буде компанія 2 то ідентифікатори вже будуть інші.
Ось десь так виглядає задум. Мало би бути щось схоже на це:
$ar[$company['id']][][$product['id']][] = $agreement['id']
але виникає проблема як потім цей дурдом в циклі розкласти по ідентифікаторам

Ось так:
Компанія 1
     Продукт 1
           Договір1
           Договір 2
КОмпанія 2
     Продукт3
          Договір 10
          Договір 20

Пояснюю по звіту. Є продані послуги різних компаній. Кожна послуга це окремий договір. Договір відноситься до якогось продукту. От мені треба написати такий скрипт в якому я передаю купу ідентифікаторів договорів, а скрипт розкладе це по поличкам, а саме по компаніям і продуктам відносно компаній

Ваш варіант гарний і запит швидше буде оброблено, ніж мої три і це факт. Проте цикл виведе змінні, якщо додати перед = ще крупку .= то буде набір рядків, але в моєму випадку потрібно власне створити массив в якому буде зберігатись ієрархія
Компанія
      Продукт
            Договір
Після цього як я розкладу все по поличкам мені треба створити відповідний запис в БД, що буде означати ідентифікатор звіту і на базі якого буде згенеровано xls і pdf файл відповідними бібліотеками. Я от зараз ніби прийшов вже до якогось рішення, але всеодно воно не ідеальне. Поки ще модифіковую. Стосовно Вашого прикладу SQL запиту то погоджуюсь на всі 100% що він оптимальніший, ніж викликати три різні запити і витягувати всі поля.

Ну гаразд, тоді замість нових рядків додавайте інформацію в масив. Тільки він буде аж ніяк не асоціативний - ви ж самі писали щось про $ar[$company['id']][] - от пусті дужки в кінці показують, що масив не асоціативний. І доведеться розглядати всюди по два випадки - коли масив-елемент масиву верхнього рівня уже створений і коли його ще немає.

Може, покажете, що вийшло?