Добрий вечір.Дуже вдячний всім за відповіді.Знайшов потрібні файли в src.
 Вибачаюсь, коли писав запитання було ще дуже багато інших справ і поспішаючи написав нісенітницю. Звичайно ці класи написані на Java.Я насправді мав на увазі інше.Коли створювалася ця мова, то перші команди повинні були бути написані на іншій мові програмування і я думаю, що вони збереглися.
 Наприклад розглянемо метод available().Його б можна було реалізувати приблизно так(я початківець і можливо десь помиляюся):
1.     public int available() throws IOException
2.  {
3.  int x;
4.  FileInputStream IS = new FileInputStream(myFile.txt);
5. For (int i = 0; i<IS.Lenght(); i++)
6. {
7. x=i+1;
8. }
return x;
}
  Що ми бачимо в бібліотечних класах:
  
  1.В класі FileInputStream
      
1. public int available() throws IOException
2.    {
3.        return available0();
4.    }
 5.   private native int available0() throws IOException;
    
    І більше нічого , що стосується цього методу.
//____________________________________
   2.В класі FilterInputStream:
      
1.      public int available() throws IOException
2.      {
3.        return in.available();
4.      }
    І більше нічого , що стосується цього методу.
//____________________________________
   3.В класі InputStream
     
     
1.      public int available() throws IOException
2.      {
3.        return 0;
4.      }
     
     
   // This method should be overridden by subclasses.
    І більше нічого , що стосується цього методу. 
   Фактично не зрозуміло, як же були пораховані ті байти.Те ж саме стосується і всіх інших методів і т.п.. 
 Виникає думка , що в машині Java є коди , що відповідають кожній команді такій як available(), і вони вставляються в программу вже при створенні машинного коду.В усякому разі коди бібліотечних класів, які є в папці src не пояснюють механізм роботи програми.