Я б зробив так..
Наприклад є таблиця articles з полем mitka,в це поле записувати мітки через кому html,javascript,php.

При пошуку зробив би вибірку по полю mitka через оператор LIKE = 'javascript'
Під час виводу результатів, через explode(',', $sql['mitka']) створював би масив з міток.
Потім через foreach записував би кожен елемент з поля (створений через explode) в масив $arr,попередньо видаливши запис з javascript через unset().

А після проходу while цикла виводу..
print_r(array_count_values($arr));

Що вивело б новий масив з кількістю кожного елемента

Array ( [html] => 2  [php] => 3)
Де повязаних міток з html - 2, php - 3

По-перше, навіть якщо припустити, що "спорідненість" міток визначається не модераторами за статистикою, а автоматично, все одно нам потрібні тільки пари - якщо мітки "c++", "stl" та "iostream" часто йдуть групами, то ми все одно цього не бачимо, нам достатньо тільки пар "c++"/"stl", c++"/"iostream" та "stl"/"iostream".
Ну а по-друге, нікому не треба отримувати "живу" статистику, що змінюється щохвилини - співвідношення за добу буде практично таким самим, максимум якась мітка на одну позицію зсунеться. Тому достатньо обчислювати цю статистику пар раз на добу.

Ваш приклад дуже схожий на задачу зв’язності. Почитайте Седжвіка "Фундаметнальні алгоритми на С++", теми 1.2 та 1.3. Там описані кілька алгоритмів розв’язку такої задачі. Можливо, на stackoverflow використовуюється модифікація алгоритму виваженого швидкого об’єднання (weighted quick - union).

Оскільки в табличці all_tags декілька мільйонів рядків, то пошук типу like '%...%', швидше за все, не використовують.

Простіше в таблиці all_tags замість поля string_tags додати поле question_id - ідентифікатор питання. Після чого побудувати кластерний індекс по полям question_id, tag_name.

Тепер просто під'єднуємо цю таблицю саму до себе з різними вибірками:

select
  other_tags.tag_name
  ,count(*) as total_questions
from all_tags as tag_1
  join all_tags as tag_2
    on tag_1.question_id = tag_2.question_id
  join all_tags as other_tags
    on tag_2.tag_name = other_tags.tag_name
where tag_1.tag_name = 'javascript'
  and tag_2.tag_name = 'angularjs'
group by
  other_tags.tag_name
order by
  total_questions desc
limit 100

Питання до тих, хто знайомий з аналітичними кубами: задачу з даної теми можна легше вирішити за допомогою кубів, чи ні?