бажано уточняти - який linux

команди  , які вантажаться при логіні  конкретного користувача можна також писати в:
~/.bashrc (~/.bashrc is read and sourced by bash when a non-login interactive shell is started, for example, when you open a virtual console from the desktop environment. This file is useful for setting up a user-specific shell environment.)
(наприклад - виставити собі $PS1:
PS1='\[\e[1;37m\]\u@\h\[\e[m\] \[\e[1;34m\]\w\[\e[m\] \[\e[0;33m\]\$ \[\e[m\]\[\e[0;37m\]'
)
~/.xinitrc - вантажиться при запуску графічного X-сервера (The ~/.xinitrc file is a shell script read by xinit and startx. It is mainly used to execute desktop environments, window managers and other programs when starting the X server (e.g., starting daemons and setting environment variables).)

крім того , кожна стільниця (gnome, xfce, lxde, тощо) - можуть мати свої стартові конфігураційні файли .

у мене зараз mint14 - desktop - MATE
теж дуже зручно через панель налаштувань.
але, деякі речі прописую саме через конфігураційні файли - щоб не міняти і не налаштовувати при зміні десктопу чи ОС.

ну і для серверних варіантів уже без конфігураційних файлів не обійтися (принаймі - я ще поки не ставив ікси на сервер :-) )

тут важливо чітко розділяти - що прописано до логіну користувача (напр. - /etc/{config_file}l) - загальне для всіх.
а що в його домашнньому каталозі - то вже конкретно для нього.