javscript можна без проблем підключити в хедері теми, відповідно будь який js код можна виконувати на сторінках сайту

Про розборку. Кожному своє. Я теж стикнувся з проблемою що багато різних фішок деякі звязані деякі ні. Якщо у вас 1н сайт тоді все можна в 1му репозиторії тримати. Якщо різні сайти і використовують різні плагіни можна плагіни по різних репах тримати=)

Порадьте, щось для генерації Sitemap

Виглядає потужно, та я вже написав свій велосипед на jQuery:

(function($){
    var run_slideshow = function () {
        var $slides = $('.slide');
        if($slides.length > 1) {
            var current_slide = 0;
            var show_next_slide = function () {
                $($slides[current_slide]).hide();
                current_slide += 1;
                if(current_slide >= $slides.length) current_slide = 0;
                $($slides[current_slide]).show();
            };
            setInterval(show_next_slide, 1000);
        };
    };
    $(run_slideshow);
})(jQuery);

Причин може бути декілька.
1) Посилання, за яким інформується пошукова система- застаріле(якщо версія
плагіну найновіша, той цей варіант найменш ймовірний).
2) Можливо тимчасово сам сервер не доступний(цей варіант найбільш можлливий
часто бачу як гугл вебмастер лежить).
3) А можливо сам скрипт має багу.

Для чого інформувати, якщо у Google Webmaster
можна за сайтом прикріпити його карту. І коли у карті сайту будуть з’являтися
нові посилання, Google їх буде автоматом індексувати.