Не забувайте, що юніти досить примітивні, в них немає ні інтелекту, ні якого-небудь різноманіття того, що вони можуть робити. Снаряди з стрілами літають, але теж не по фізиці. Юніт з юнітом теж практично не взаємодіють, принаймні не кожен з великою кількістю одночасно. Може для козаків котрийсь з цих «не» і не виконується. Це, скоріше, жанрові обмеження.

Але ж main game loop...

По-перше, все ж головний цикл по 10000 структур, якщо треба тільки зсунути на певний крок по двох координатах, буде досить швидким. 20000 арифметичних операцій із цілими, по, скажімо, 10 тактів на операцію - це 200 тисяч тактів. Якщо це одноядерний гігагерцний процесор, це займе аж цілих 0,0002с. Ніщо не заважає крутити такий цикл 50 разів на секунду, і змінювати не 2 характеристики, а 20, це все одно навантажить наш не надто швидкий процесор аж на 1%. Якщо ж довірити таку просту обробку відеопроцесору (додавання масивів вони вміють робити), то взагалі пісня буде. Ба навіть MMX та SSE можуть в кілька разів прискорити обробку.
Проблеми починаються, коли треба обчислювати взаємодію багатьох об'єктів. Перша ідея щодо оптимізації - розбити поле, скажімо, на 64x64 квадратиків і дати юнітам обчислювати на кожному кроці, чи перейшли вони в наступний квадратик і "реєструватися" там (це можна зробити логічними операціями, а пам'яті ну якийсь мегабайт потягне на масиви "зареєстрованих"), а потім перевіряти не повну взаємодію, а тільки тих, хто в своєму та сусідніх квадратиках. Якщо в середньому навколо одного юніта опиняється 100 інших, то навантаження наш старий процесор вже не потягне, але сучасним 4-ядерним 3ГГц-овим це не має стати на заваді.

Функції інлайняться. ОС відбирає управління не дуже часто, інакше постійно процесор був нею зайнятий.
Ну і покажіть код, може, підкажу, як можна покращити... хоча, звісно, Python не дуже швидкий. Але там є бібліотеки для швидкої обробки масивів, скажімо, та ж numpy.

Код ось тут, гра доволі примітивна, але все ж таки... https://github.com/MasterSergius/simple_shooter_2D.git

(для запуску ще потрібно встановити pygame, може потім додам requirements.txt та інструкції).

Не в одному, там ще константи є
А взагалі, із самого початку воно трохи все не так задумувалося, а потім пішло-поїхало.
А профайлом не впевнений шо дуже добре допоможе, бо тут не зовсім детермінована поведінка. А треба зачекати поки назбереться монстрів... Але результати ось такі (це я повирізав трохи шматків):

ncalls  tottime  percall  cumtime  percall filename:lineno(function)
97809   10.768    0.000   10.768    0.000 :0(blit)
1    0.024    0.024    0.024    0.024 :0(init)
        7    0.004    0.001    0.004    0.001 :0(insert)
     5214    0.008    0.000    0.008    0.000 :0(isalnum)
       43    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(isdigit)
        1    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(isenabled)
     6222    0.008    0.000    0.012    0.000 :0(isinstance)
   100/69    0.000    0.000    0.004    0.000 :0(issubclass)
      111    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(items)
       74    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(iter)
  720/711    0.020    0.000    0.084    0.000 :0(join)
       17    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(keys)
31674/31232    0.036    0.000    0.036    0.000 :0(len)
       20    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(listdir)
        3    0.012    0.004    0.012    0.004 :0(load_extended)
        1    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(locals)
        2    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(log)
     6424    0.024    0.000    0.024    0.000 :0(lower)
       38    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(lstat)
       12    0.000    0.000    0.000    0.000 :0(lstrip)

Схоже що найбільше навантаження йде саме на відображення (blit), а не на обчислення.

Спробую. Я йшов спочатку по звичайному тутору, а далі стало влом читати/розбирати, почав кодити. Якось так.

додам свої 5 копійок. Як було вище вказано - очікувати зміни і тільки тоді щось робити.
Тобто не треба кожен раз перевіряти де є та 1000 юнітів чи перетинаються вони з іншими, достатньо перевірити ті що змінили позиції у певних точках. Або наприклад ви знаєте що обєкти зустрінуться з іншою армією через 100 кроків. Ви можете чекати виконання умов. Такі собі Event

Розкажіть про свою логіку ігри, можливо щось підскажемо Або станемо бета тестерами))

Дуже часто народ робить таку штуку:
Якщо перетинаються юніти - тоді знищуємо тих, у кого менше здоровя.
Якщо є армія 1000*1000 Народ перевіряє чи кожен юніт перетинаться з іншим юнітом.
Я мав на увазі що можна по іншому робити таку логіку І не потрібно буде перевіряти чи кожен юніт не перетинається з юнітом суперника.