Я так розумію, проблема полягає в синтаксичних особливостях python'а — зокрема, в синтаксично важливих відступах, тоді як типові системи контролю версій орієнтуються на C-подібний синтаксис, де цю ж роль виконують фігурні дужки, і це має наслідки при злитті змін з різних джерел.

Якщо спробувати вирішити задачу з нуля, в основі такої VCS може бути аналог diff/patch, орієнтований на python'івський синтаксис. Напр., можна конвертувати код з python у формат з фігурними дужками, робити злиття на ньому, а результат конвертувати назад у python...