1. Платформозалежність (у ніксах це робиться інакше; правда, не впевнений, чи справді вони потребують паузи перед завершенням програми — це більше віндузяча проблема, коли запукаєш консольник з експлорера чи студії, а він блимнув і пропав).
2. Незручно, якщо програму планується використовувати в пакеті з перенаправленням потоків (це стосується будь-яких консольних маніпуляцій поверх стандартного читання/запису stdin/stdout/stderr).
3. Зайва витрата ресурсів порівняно з перевіркою натискання клавіш засобами самої програми (в сучасних масштабах копійки, та все ж...).
4. Пауза, викликана з самої програми, не рятує в ситуації, коли програма завершилася з помилкою, не дійшовши до паузи (і повідомлень про помилку ніхто не встигне побачити — вікно зразу закриється). Тоді вже доцільніше або запускати прогу руками з вікна командного рядка, або з допомогою батника, який після запуску програми містить команду pause