1. Git - засіб передусім для контролю версій коду. Він не призначений для обміну архівами (якщо ці архіви не обробляються кодом). Викладайте код у вигляді коду, а не в архіві.
2. Відступи. Відступи потрібні для покращення читаності коду; код з нерівними відступами виглядає неохайним і збиває читача.

namespace _3DEng
        {
                   
    public partial class Form1 : Form

фігурна дужка має бути на початку рядка. Або в кінці попереднього. Або проголошення Form1 має бути зсунутим.

 private mesh meshCube = new mesh();// CUBE AS IT IS

проголошується всередині

 public void Lumination(float lum)

чи після неї? Щоб це зрозуміти, доводиться шукати всі фігурні дужки; а якщо розмістити проголошення mesh лівіше, це питання не виникне. І т.д.
Якщо зовсім ліньки, можете скористатися вирівнюванням, вбудованим зараз майже в усі редактори коду. Професіонали часто уникають цього, бо є ще купа прийомів вирівнювання, які так легко не кодуються - але початкові відступи треба витримувати.
2. Назви ідентифікаторів. Назви мають бути зрозумілими, витриманими в одному стилі і якомога точніше відповідати призначенню; якщо є Form1, то має бути і Form2? Чи ні? Може, MainForm? Чим відрізняються pen1 і pen2? foregroundPen і backgroundPen чи primaryPen і secondaryPen не будуть кращими? А може й penForeground та penBackground, бо далі йдуть
        float fElapsedTime = 0;
        float fTheta = 0;
де f явно позначає тип (float). Угорська нотація переважно не дуже шанується серед розробників, але це ваш код, вам вирішувати.
            int emptyspace=0;
            int IndexY = 0;
Різні стилі дуже збивають. Може, iEmptySpace та iIndexY? Чи emptySpace та indexY? А, до речі, чому саме Y? Бо функція призначена для Y? Але ж це так очевидно, що там усе про Y, можна просто писати index.
Прочитайте https://docs.microsoft.com/uk-ua/dotnet … onventions
3. Велосипеди. Якщо є бібліотечна функція (Math.Max) - краще використати її, а не писати власну реалізацію (якщо, звісно, це не навчальне завдання, де прямо вказано, що бібліотекою не можна користатися). Зверніть увагу на String.Split(), String.Substring() і String.Trim() - те, що ви намагаєтеся при аналізі файлу зробити купою функцій, робиться в 5 рядків. А якщо це все ще й запхати у метод vec3d.Parse() - то взагалі краса вийде.
4. Функції Vector_Add і подібні - вони ж відносяться не до Form1, а до vec3d, правильно? То й зробіть їх методами vec3d. Причому в C# для подібних методів спеціально існує концепція перевантажених операторів. Зможете замість

vec3d c=Vector_Add(a,b);

писати

vec3d c = a + b;

Гадаю, висловлених зауважень поки що цілком вистачить.

P.S. Тут якраз правильно писали про соціальні навички. "Я не проти" - дещо невдалий вираз у цій ситуації.

Найкраще навчання це розробка власних пет проєктів.