Я це робив подібний обмін з допомогою named pipe. "Шматок коду" від c# можу показати (чи заключний варіант - не певен, але дуже вірогідно), а частина с++ залишилась у колишнього роботодавця, але нічого особливо складного там немає. Перевага для мене була в тому, що не треба було виловлювати з потоку окремі повідомлення.
Не знаю Вашої конкретної задачі, але на перший погляд не в комунікації Ваша головна проблема, а в реалізації зручної та надіїної архитектури обох програм (потоки, взаємодія, синхронізація).