Процитую першоджерело:

Why Use Nested Classes?

Compelling reasons for using nested classes include the following:

It is a way of logically grouping classes that are only used in one place: If a class is useful to only one other class, then it is logical to embed it in that class and keep the two together. Nesting such "helper classes" makes their package more streamlined.

It increases encapsulation: Consider two top-level classes, A and B, where B needs access to members of A that would otherwise be declared private. By hiding class B within class A, A's members can be declared private and B can access them. In addition, B itself can be hidden from the outside world.

It can lead to more readable and maintainable code: Nesting small classes within top-level classes places the code closer to where it is used.

Якщо коротко: нехай у вас є складна структура із простим інтерфейсом, скажімо, компілятор. Все, що вміє компілятор - це компілювати, тобто він має один основний метод (і ще кілька для налаштувань, але то гетери-сетери, нічого складного). А всередині там - і функції, і класи, і ідентифікатори, і лексеми, і вирази, і ПолІЗ, і асемблер, і ще бозна-що; і до того всього багатства немає ані найменшої потреби допускати криві ручки бидлокодерів. От тоді всі ці класи можна запхати всередину одного класу - для інших програмістів це буде один клас із простим інтерфейсом, і не буде жодної можливості дати йому якусь окрему лексему для чогось - тільки вхідний рядок.