Я закінчував "Комп'ютерна інтежерія". Мій друг закінчував "Програмна інженерія". Особливої різниці немає. Все залежить від власного бажання. На програмній інженерії буде більше програмування, на комп'ютерних науках більше системні речі: Linux,  архітектура, мережі, але програмування теж вистачає. Але як я вже сказав, все залежить від людини. В університеті дають невеликий відсоток знань.

Щодо працевлаштування, проблем взагалі ніяких немає. В серйозних фірмах на диплом вже давно не дивдяться, можливо лише на назву університету.

Як показав мій власний досвід, назва спеціальності немає ніякого значення, якщо є бажання стати програмістом. Наприклад у мене в дипломі написано "Гідроаєродинаміка". Хоча звичайно навчання на підходящій спеціальнсті може значно спростити завдання, але визначальним фактором є практика та спілкування з досвідченими професіоналами. У вашому випадку можна поцікавитися у студентів старших курсів де більше викладачів, що не тільки викладають, але й ведуть якісь реальні проекти в комерційних фірмах. Якщо таких немає ні там ні там, то варто змінити вуз.

Вже не тільки назва спеціальності, бо дипломи наших ВНЗ вже перестали вважати дипломами.. просто галочкою, що ти не повний ідіот і на тебе мабуть варто звернути увагу.